Der Film begleitet Hjalmar und Simon, die Söhne des Regisseurs, bei der Entdeckung eines für sie fremden Landes. Sie sind mit ihren Eltern nach Südafrika gezogen, wo bis vor kurzem ein rigides weißes Apartheidsregime herrschte, von dem die schwarze Bevölkerung brutal unterdrückt wurde. Staunend erforschen die Kinder ihre neue Umgebung, in der sie im alltäglichen Umgang wie auf Reisen durch das Land immer wieder mit der dunklen Vergangenheit konfrontiert sind. Doch ihre neuen afrikanischen Freunde sind voller Hoffnung und Zuversicht. „Mein afrikanisches Tagebuch“ ist der Mittelteil einer „Südafrikanischen Trilogie“ von Jon Bang Carlsen: „Addicted to Solitude“ (1999) beschäftigt sich mit der Rassentrennung, „Blinded Angels“ (2006) behandelt Glaubensfragen. Auch „Purity Beats Everything“ (2007), über „arische“ Rasse- und Reinheitsideale, spielt zum Teil in Südafrika.